Au XVIe siècle
Constat d'un lieu mal entretenu
- Façade sud de la chapelle Bourgeois, avant les restaurations terminées en 2006
En 1502, une ordonnance de Leurs Excellences de Berne fait état de la vétusté des lieux et du cloître qui tombe en ruine. Des travaux importants avaient déjà eu lieu en 1491 dans l’église, probablement la reconstruction d’une voûte.
C’est en ce début du XVIe siècle, que le sacristain Guillaume Bourgeois fait édifier une chapelle, attenante au choeur et effectue des travaux aux bâtiments claustraux.
Vers 1513-15, la ville de Grandson fait les frais de la construction d’un beffroi en charpente sur une tour de maçonnerie probablement située à l’entrée du prieuré. La ville possède donc dans l’enceinte du prieuré, et avant la sécularisation du couvent, un espace propre.
En 1530, malgré les premiers remous de la Réforme, Berne et Fribourg confirment Nicolas de Diesbach en tant que prieur commendataire et administrateur du prieuré. À sa mort en 1550, LL.EE. de Berne font nommer à sa place Blaise Grivat qui sera le dernier prieur avant le passage de la ville de Grandson à la foi Réformée.
