Les peintures du transept et du choeur

Au tout début du XVe siècle, une peinture murale vint orner la paroi nord du chœur, à l'initiative de Bonne de Viry, sœur de Jean de Seyssel, prieur de Romainmôtier entre 1381 et 1432.

Cette peinture est sans doute antérieure de quelques années à l'édification du monument funéraire de ce dernier.

Par la suite, la peinture fut prolongée de manière à créer une liaison avec le tombeau.

Les deux parties du décor peint sont encore bien identifiables.

La plus ancienne se trouve à droite et s'étend sur quatre registres:

• une large base ornée d'une tenture
• une représentation de la Mise au tombeau
• le gâble qui la coiffe et dans lequel est inscrite une figure en dévotion
• au- dessus du gâble, deux anges, debout, tiennent l'écu armorié de la famille de Seyssel.

On peut encore distinguer la forme de quelques personnages de la Mise au tombeau: à droite de la scène, un ange agenouillé et tenant un chandelier trouvait son pendant de l'autre côté.
A la tête et aux pieds du Christ, on devine Joseph d'Arimathie et Nicodème qui portent le corps sur son linceul.
Derrière le tombeau apparaissent six figures nimbées.
On ne perçoit plus du Christ que quelques traits de sa silhouette.
Au centre, la Vierge, vêtue de bleu, est retenue par un deuxième personnage : saint Jean.
A la droite de ce groupe, une femme aux longs cheveux tombant sur son dos peut être Marie-Madeleine.
A la gauche de la Vierge et de saint Jean, les trois dernières figures sont certainement les trois Marie.
Devant le tombeau se trouvent les soldats accroupis et endormis.
Au-dessus, dans le gâble, apparaît la figure d'un saint agenouillé, en prière devant la croix, la tête nue et tonsurée, vêtu de l'habit pourpre des cardinaux.
Dans l'angle droit, un écu aux armes aujourd'hui effacées, sommé d'un chapeau cardinalice, permettait d'identifier le bienheureux Pierre de Luxembourg, mort à Villeneuve-lès-Avignon en 1387 et béatifié en 1527. Il s'agit d'une des plus anciennes images connues hors de la cité des papes, qui s'explique ici par les liens étroits qu'avait tissés le prieur Henri de Sévery, ancien recteur du comtat Venaissin, avec la cour pontificale d'Avignon.

La seconde partie de la peinture s'étend sur la gauche jusqu'au tombeau

On y reconnaît deux moines, vêtus du froc clunisien et présentés par deux saints patrons.
Un écu inscrit dans un quadrilobe, permet d'identifier la première de ces figures, comme le prieur Jean de Seyssel.
Un saint Antoine, couvert d'un manteau brun, a sa main posée sur son épaule.
Le second moine situé à l'arrière du prieur, vêtu d'une robe noire et tenant un bâton, pourrait être un parent du prieur (le moine Guigues de Seyssel ?) ou un autre moine que devait identifier l'écu armorié, aujourd'hui effacé, placé derrière lui.
Au-dessus des deux donateurs sont représentés les saints patrons du monastère: Pierre et Paul.
Entre ces figures et les anges placés de part et d'autre du gâble, fut ajoutée une Vierge à l'Enfant dans des rais de lumière.