La période savoyarde

Au XIIIe siècle, les comtes de Savoie conquièrent la plupart des terres du Pays de Vaud morcelé en de multiples seigneuries, prélude d’une domination qui s’étendra aux deux tiers environ de la Suisse romande actuelle.

Avec leurs possessions réparties au sud et au nord du massif alpin, ils maîtrisent les deux principaux axes des Alpes occidentales, la route du Mont-Cenis et celle du Grand-Saint-Bernard.
Ces deux voies commerciales majeures, reliant l’Italie à l’Europe du nord-ouest, sont sources de profit par le prélèvement de taxes sur les marchandises transitant par leurs terres, en échange de l’entretien des routes et de la protection des voyageurs.

Dressé le long du second itinéraire, le château présente un intérêt économique et stratégique évident.
En 1214, Thomas 1er de Savoie fonde Villeneuve, à quelque 2 km en amont du bourg de Chillon, en un lieu assez vaste pour accueillir un péage, des halles pour les marchandises et des équipements portuaires.
Au château même, des grands travaux de reconstruction et d’agrandissement sont alors entrepris, par étapes, à l’initiative du comte Thomas 1er de Savoie (1189-1233) et de ses quatre fils, dont Pierre II, maître du château de 1255 à 1268.
Ce dernier est représenté par un clerc de Chambéry, Pierre Mainier, intendant des  travaux.
Sous Philippe de Savoie, frère et successeur de Pierre, le chantier est confié à Jacques de Saint-Georges, maître maçon et ingénieur, soit un architecte spécialisé dans la construction militaire.

La forteresse abrite la résidence temporaire de la famille de Savoie, et celle, permanente, du châtelain-bailli. A la tête d’un vaste domaine, les Savoie sont appelés à se déplacer constamment pour gouverner, en restant personnellement en contact avec leurs sujets. Ce nomadisme s’accorde aussi au rythme des saisons, certaines demeures étant inhabitables en hiver, d’autres plus propices à certaines activités, telle que la chasse. Le comte voyage, avec faste, accompagné de son entourage immédiat et d’une cohorte de serviteurs et de fonctionnaires. Il emporte avec lui de quoi métamorphoser les lieux de ses étapes, les espaces qui lui sont réservés étant fermés et vides en son absence. La garde permanente de Chillon incombe alors à un châtelain, souvent choisi parmi les membres de l’aristocratie savoyarde.
Il commande la garnison, rend la justice, perçoit les droits de péage et les revenus seigneuriaux. Dès la seconde moitié du XIIIe siècle, lors du découpage du comté de Savoie en plusieurs bailliages, le châtelain de Chillon cumule ces charges avec celles de bailli du Chablais. Cette circonscription, la plus étendue des Etats de Savoie au XIVe siècle, regroupe des châtellenies situées entre Vevey et Aigle, dans le Bas-Valais actuel et sur la rive sud du Léman (Evian, Thonon). Le château devient un centre administratif et financier de première importance au nord des Etats de la Savoie.
Deux bâtiments spécifiques sont alors érigés dans la partie septentrionale du
rocher réservée au comte, la domus clericorum (G voir plan), dévolue aux tâches administratives, et le bâtiment du trésor (K voir plan), affecté à un double usage: conserver en lieu sûr les archives et le numéraire, fruit de la châtellenie et du péage de Villeneuve; le plus souvent, l’argent n’était pas envoyé à la Trésorerie générale de Chambéry mais tenu à disposition pour de futures opérations militaires ou des travaux.