Les fouilles
Après la restauration de la salle de justice et des salles adjacentes, en 1898 les fouilles se poursuivent et les restaurations sont envisagées de façon plus systématique des fondations jusqu'au toit.
Naef n'a de cesse que les ouvriers n'aient touché le rocher.
Les trouvailles
En 1901 les fouilles sont pratiquement terminées
- Un bracelet en bronze, antérieur à la période dite de La Tène, enfoui à la base d'une enceinte romane, est l'objet le plus ancien que l'on trouve
- Une monnaie romaine de la fin du IVe siècle. Cette trouvaille, permet de supposer l'existence d'un poste romain
- Dans les sous-sols, les restes de murs antérieurs au XIIIe siècle réapparaissent à plusieurs endroits, révélant l'existence et le tracé des enceintes successives.
La forme du rocher sur lequel Chillon est bâti, est restituée avec exactitude
La crypte de l'église ancienne
Dans la partie sud, les fouilles ont révélé l'existence d'une chapelle romane associée au castrum primitif.
La crypte située au-dessous, qui servait de cave, est vidée.
Cet édifice remonte au XIe siècle sans doute, tout comme les plaquettes du reliquaire en os ou en ivoire retrouvé enfoui dans son autel.
Amputée d’une portion de son abside par l’édification de la tour de garde (B) vers 1250, la chapelle fut désaffectée, au profit de la nouvelle chapelle (Y), puis transformée en magasins avant de disparaître.
De cette chapelle dédiée à saint Pantaléon ne subsiste que la crypte qui, simplement comblée, s’est maintenue sous terre.
Le donjon
L'exploration du donjon et des bâtiments voisins, permettra de situer le niveau des étages, l'emplacement des portes et fennêtres.
Le donjon a été surélevé au XIVe siècle au dessus des créneaux encore visibles.
A l'angle sud-est, on découvre un local ayant contenu une cage d'escaliers.
Le glacis et le fossé
Dans la cour de courtines, on découvre une salle voûtée enfouie et un glacis.
Le glacis est un élément de fortification à la base des tours, un talus, destiné à tenir l'ennemi dans la portée des flèches.
Certaines partie sont antérieures au au Xe et au XIe siècles. On les dégagent, mettant ainsi à jour le système de défense primitif de la forteresse.
Les salles
En 1897, l'exploration du reste du château ayant progressé, un plan de restauration systématique de la salle de Justice, du local U et de la chambre de torture (U2).
Après la tour et la cour d'entrée B et D, les bâtiments voisins et les souterrains sont à leur tour piqués, percés et fouillés jusqu'au rocher.
De proche en proche, les bâtiments donnant sur les cours E, puis F et H, subissent le même traitement.
On part des fondations, puis l'on monte d'étage en étage jusqu'au toit. L'entreprise, méthodiquement menée dès 1897, avance rapidement. En 1901, les fouilles sont pratiquement terminées à l'intérieur du château.






